本校音樂班成立於民國83年，銜續馬公國小第一屆音樂班應屆學生，迄今已邁入24年。於84年起屢獲本縣音樂比賽管弦樂團與合唱優等。
民國85年起，樂團編制擴充，在練習曲目上更勇於嘗試，且於民國87年在全省音樂 比賽中榮獲優等之佳績；並於88年2月與89年8月先後與馬公高中音樂班管弦樂團合作，共同參與澎湖版【糖果屋】歌劇演出擔任樂團伴奏，在澎湖備受各界矚目。歷任指揮：陳振生、周安瑞、陳妍蓉、莊惠淳與現任指揮江敬業老師，對樂團均付出極大的心血，使本校音樂班管弦樂團在本縣能獲得各界肯定與支持。近年來也多次獲得全國學生音樂比賽管弦樂團國中A組南區優等的殊榮。107年12月更榮獲全縣音樂比賽管弦樂合奏國中A組特優佳績。
音樂班合唱團自成立後，先後於86年、88年分別受邀前往柯姆隆參加匈牙利高大宜第十三屆、第十四屆合唱音樂節，深受各界與會嘉賓的好評。民國89學年度榮獲全省音樂比賽音樂班合唱團優等第二名及91年、93年全國鄉土藝術歌謠大賽第三名、第五名。98年四月更獲得全國鄉土藝術歌謠大賽第二名的佳績。